目前，超级网银目前的跨行查询功能全部免费，但转账方面大部分银行已开始收费，招行的超级网银单笔收费甚至比普通网银高出48元，建行则依然按照普通网银的转账标准收费。而中信、民生和光大银行暂时不收取任何费用。
登陆一家银行网站，可以实现近30家银行账户的管理是央行此次上线的超级网银(第二代支付系统)最核心的亮点。这对于拥有多个银行网银账户的客户来说，无疑省去了不少麻烦。
但并不是每一位客户都可以享受到这个服务，很多银行都设置了一定的门槛，并且客户需要同时满足连接银行双方的条件才可操作。此外，客户在对账户实现“一站式”管理的同时，银行对转账费用的收取依然“各自为政”。
以招行为例，据悉，招商银行的普通网银跨行转账有两种方式：普通转账同城收费仅为2元/笔，快速转账同城仅为3元/笔。假如转账金额为10000元，选择"超级网银"的费用比普通网银转账分别高出48元和47元。
